يأتي التعاون مع وزارة التضامن الاجتماعي في إطار عدة بروتوكولات تعاون لضمان حياة أفضل للأطفال والشباب فاقدي الرعاية الوالدية، عن طريق :

كانت وطنية أول من تعاون مع وزارة التضامن الاجتماعي لتطوير وتطبيق معايير جودة رعاية الأطفال داخل بيوت الرعاية لتوحيد أساليب رعاية الأطفال فاقدي الرعاية الوالدية، والتي قامت بالعمل على تطويرها منذ 2008 وفقا لظروف المجتمع المصري بناء على الخبرات والممارسات العملية، ثم تعاونت مع وزارة التضامن الاجتماعي وشركاء من المجتمع المدني حتى تم إصدار قرار وزاري بإلزام المؤسسات بتطبيق معايير الجودة لرعاية الأطفال بها عام 2014.
تطوير منظومة الرعاية البديلة والتي تشمل أيضا نظام الأسر البديلة من خلال الانضمام إلى اللجنة العليا للأسر البديلة وإصدار دليل إرشادي للخطوات الإجرائية لنظام الأسر البديلة بالتعاون مع منظمة فيس، وتدريب كوادر الوزارة على الدليل كخطوة هامة لتفعيل نظام الأسر البديلة الجديد .
تطوير منظومة الرعاية اللاحقة من خلال مشروع " تأهيل الشباب الأيتام للاستقلالية والرعاية اللاحقة ".
بناء قدرات العاملين بوزارة التضامن من خلال برنامج المتابع المهني"تدريب المدربين".
التعاون مع الوزارة لتمكين 60 مؤسسة إيوائية من وضع وتفعيل نظام داخلي لحماية أبنائها من جميع أنواع الإساءات لضمان صحة الطفل النفسية والبدنية من خلال مشروع "حمايتهم مسؤوليتنا".